सीएफएस में रोग प्रक्रिया विभिन्न किस्म की तंत्रिका संबंधी, रोगप्रतिरक्षा संबंधी एवं अंत:स्रावी प्रणाली की असामान्यताओं को प्रदर्शित करती है.
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मदाभावकाल के बीतते कामऋतु के लक्षण प्रकट होने लगते हैं और मादा के शरीर में जननग्रंथियों, जननमार्गों और अंत:स्रावी ग्रंथियों (
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पीयूषिका ग्रंथि हार्मोन का स्राव करने वाले समस्थिति का विनियमन करता है, जिसमें अन्य अंत:स्रावी ग्रंथियों को उत्तेजित करने वाले ट्रॉपिक हार्मोन शामिल होते हैं.
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पीयूष ग्रन्थि या पीयूषिका, एक अंत:स्रावी ग्रंथि है जिसका आकार एक मटर के दाने जैसा होता है और वजन 0.5 ग्राम (0.02 आउन्स) होता है.
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मदाभावकाल के बीतते कामऋतु के लक्षण प्रकट होने लगते हैं और मादा के शरीर में जननग्रंथियों, जननमार्गों और अंत:स्रावी ग्रंथियों (Endocrine glands) में उपापचयी (metabolic) परिवर्तन होने लगते हैं।
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इस बात के प्रमाण हैं कि निष्क्रियता का नियंत्रण मस्तिष्क, संभवत: मध्य मस्तिष्क, के केंद्रों तथा अंत:स्रावी तंत्र द्वारा होता है, किंतु अत:स्रावी परिवर्तनों का ठीक पता नहीं है।
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यह तंत्रिका तंत्र को स्थायी बनाता है, प्रजनन संबंधी, ऑटोइम्यून तथा उदर और आँत की बीमारियाँ दूर करता है, अंत:स्रावी तंत्र को नियमित रखता है तथा ग्रंथियों को उत्तेजित करता है.
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यह तंत्रिका तंत्र को स्थायी बनाता ह ै, प्रजनन संबंध ी, ऑटोइम्यून तथा उदर और आँत की बीमारियाँ दूर करता ह ै, अंत:स्रावी तंत्र को नियमित रखता है तथा ग्रंथियों को उत्तेजित करता है।
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स्टीफेन स्टुर्गेस ने भी छह नीचले चक्रों को मेरूदंड के साथ विशेष तंत्रिका जाल और ग्रंथियों से जोड़ा है. सी. डब्ल्यू. लीडबीटर ने अजन चक्र को चीटीदार ग्रंथि, जो कि अंत:स्रावी प्रणाली का हिस्सा है, से जोड़ा है.
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स्त्रियां पुरुषों की तुलना में अधिक लंबे समय तक कामोन्माद का अनुभव करती हैं और उनमें स्पष्ट रूप से निर्धारित चक्रों जैसे कि मासिक धर्म, स्तनपान, रजोनिवृत्ति, और गर्भावस्था के साथ एक अधिक जटिल प्रजनन संबंधी अंत:स्रावी प्रणाली होती है.
