फर्जीवाड़े को उजागर करने वाली इंदौर क्राइम ब्रांच की जांच सही दिशा में जा रही थी और असली गुनाहगारों तक पहुंचने वाली थी कि अचानक जांच एसटीएफ को सौंप दी गई तथा इंदौर पुलिस ने व्यापम के जिस बड़े अफसर को दबोचा था सरकार ने उसे क्लीन चिट देकर पुलिस जांच की दिषा ही बदल दी ।
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(वि) विभागीय अधिकारियों ने मौके पर अचानक जांच के दौरान पाया किउपस्थिति नामावलियों में दर्शायी गयी संख्या से कम संख्या में श्रमिक उपस्थिति थे, अवयस्कों को नियुक्त करके उन्हें वयस्क दिखाया गया था, श्रमिकों को दूसरे विभागीयकार्यों पर लगाया था, मापन पुस्तक स्थल पर उपलब्ध नहीं थी, उपस्थिति फर्जी थी, तथाबाद में और अधिक नाम जोड़ने के लिए उपस्थिति नामावलियों में खाली खाली स्थान छोड़ेहुए थे, दिन भर के निर्माण कार्य की समाप्ति तक उपस्थिति दर्ज नहीं की गयी थी, श्रमिकजिसकी उपस्थिति दर्ज की गयी थी, भौतिक रूप से उपस्थिति नहीं पाये गये आदि.
