अभियोग के मुख्य मुद्दे में यह सम्भावना जताई गई कि राउंडअप प्रतिरोधकता दूसरे फसलों को भी संक्रमित कर देगी, जिनमें दूसरे फसल और अपतृण शामिल होंगे, जो कि महत्वपूर्ण कीटनाशक राउंडअप के प्रति अहम कीटों को प्रतिरोधक बना देंगे;
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हालांकि चौड़े पत्ते वाले पौधे, जिनमें सामान्य अल्फाल्फा भी शामिल है राउंडअप को लेकर थोड़े संवेदनशील हैं, फिर भी उत्पादक राउंडअप रेडी अल्फाल्फा का छिड़काव राउंडअप के साथ कर सकते हैं जो कि अल्फाल्फा के फसल को बिना नुकसान पहुंचाए अपतृण का नाश कर देती है.
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हालांकि चौड़े पत्ते वाले पौधे, जिनमें सामान्य अल्फाल्फा भी शामिल है राउंडअप को लेकर थोड़े संवेदनशील हैं, फिर भी उत्पादक राउंडअप रेडी अल्फाल्फा का छिड़काव राउंडअप के साथ कर सकते हैं जो कि अल्फाल्फा के फसल को बिना नुकसान पहुंचाए अपतृण का नाश कर देती है.
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परिस्थिती, मटी और जमीनी कीडाओं (earth worms) को बरबाद करनेवाला शत्रु तथा मित्र कीडों के बगैर उत्पत्ति-संवंधी बदलाव के बिना इन बी. टी फसलों के साथ जो अपतृण पैदा होगा उसे खतम कने केलिये बहूत ही कठिन जहर ‘ रौण्टअप ' (roundup) का इस्तेमाल करने की आवश्यकता होगी।
