आहार श्रृंखला का एक दूसरा आयाम यह भी है कि हमारी जानकारी के बिना ही कुछ हानिकारक रासायनिक पदार्थ आहार श्रृंखला से होते हुए हमारे शरीर में प्रविष्ट हो जाते हैं।
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भारतीय कृषि अनुसंधान परिषद् (आईसीएआर) द्वारा संचालित आल इण्डिया कोआडिनेटिड रिसर्च प्रोजेक्ट आन पेस्टिसाईड के अनुसार पंजाब में डीडीटी, एचसीएच और बीएचसी ने आहार श्रृंखला में घुसपैठ कर ली है।
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इस मामले में सबसे भयावह बात यह है कि देश में मत्स्य और कृषि उद्योगों में भी ज्यादा मात्रा में एंटीबायोटिक का इस्तेमाल किया जाता है, जिससे आहार श्रृंखला प्रदूषित होती है।