इसके विपरीत, कोर्टिक्स की परत अग्रमस्तिष्क की सतह को अस्तर करती हैं, जब कि बेसल गैन्ग्लिया जो कि ग्रे पदार्थ का अलग ही दिखाई देने वाला समूह है वह मस्तिष्क की गहराई में थैलेमस के संगम के समीप ही स्थित होता है.
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यथा हाइपोथैलमस भूख, प्यास, नींद, ताप, रक्तचाप आदि के नियंत्रण से लेकर कुछ हॉरमोन्स के स्राव के नियंत्रण में लगा रहता है, तो अन्य अवयव मुख्य रूप से अग्रमस्तिष्क के साथ मांसपेशियों के नियंत्रण में सहभागी होते हैं।
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दूसरी ओर, अधःप्रांतस्था केंद्र और आंतर अग्रमस्तिष्क, नकारात्मक प्रेरण के प्रभाव से प्रावरोध (inhibit) की व्यापक प्रक्रिया में शामिल हो सकते हैं, जो अपने को अवसाद, शिथिल अथवा अवरुद्ध पेशीय गतियों, नाड़ी तथा श्वास की मंद गति, आदि में व्यक्त करती है।
